In der Schule am Papenmoor wird überwiegend nach dem methodischen Konzept des Themenzentrierten Unterrichts – TZU – unterrichtet. Unter Berücksichtigung des individuellen Entwicklungsstandes der Schülerinnen und Schüler werden innerhalb der Unterrichtseinheit die unterschiedlichen Fachinhalte umgesetzt. Somit haben die Entwicklungsbereiche direkten Bezug zu den jeweiligen Unterrichtszielen. Schülerinnen und Schüler lernen niveaubezogen und lebensweltnah. Die Fächer Mathematik und Deutsch werden im Klassenunterricht und in der Förderplanarbeit mit ihren fachdidaktischen Inhalten dem individuellen Leistungsstand der Schülerinnen und Schüler entsprechend unterrichtet und finden sich auch im Themenzentrierten Unterricht wieder.